上回说到尼奥终于意识到自己的能力和使命，在中弹“复活”的同时，他也变成了无所不能“救世主”。结尾的“飞升”象征着人类超级英雄的诞生：尼奥将带领锡安基地的人民，打响对机器世界的反击战，并将以胜利者的姿态结束这场战斗，还人类以自由之身。实际上，整个《黑客帝国2：重装上阵》是尼奥探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由。在上集打败密探史密斯、救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点——锡安基地。在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起，其中包括墨菲斯的甜蜜冤家——奈奥比美眉。另外，基地的政治家们也上场了。就在这时，矩阵系统决定“先下手为强”，派遣了为数250000的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地，积弱的基地防守力量根本不足以对抗如此强大的机甲兵团，看来人类最后的香火也岌岌可危；当然，墨菲斯他们的飞船上有各种各样的资料，自然少不了中国那几本名为《左传》《史记》之类古籍的电子版本，尼奥他们一下便想到了“围魏救赵”的良策，决定再次潜入矩阵，从内部破坏它，最后达到消灭机甲兵团的目的。